Выражение очень древнее и встречается в разных культурах независимо друг от друга, что говорит о его универсальности.
Самая ранняя документированная версия - из Древнего Египта. В поучениях писца Ани (около 1300 г. до н.э.) есть фраза которая переводится примерно как "будь осторожен со словами, стены имеют уши". Египтяне реально боялись доносчиков при дворе фараона.
В Персии ходила похожая пословица, оттуда она попала в арабский мир. Есть версия что в Европу выражение пришло через крестовые походы.
В русский язык скорее всего попало из французского - "les murs ont des oreilles" использовалось при дворе Людовика XIV, где шпионаж был обычным делом. При Екатерине II выражение уже было в ходу.
Буквальный смысл: стены тонкие, за ними могут подслушивать. В замках и дворцах реально делали специальные ниши и проходы для подслушивания - это не метафора а архитектурная реальность того времени.