Ты абсолютно прав насчет латинского источника, и исходный смысл действительно другой.

Оригинальный юридический принцип Цицерона: если для какого то случая делается исключение из правила, это само по себе доказывает, что правило существует. Пример: "Въезд запрещен, кроме машин скорой помощи". Существование исключения для скорой доказывает, что общий запрет реален. Исключение подтверждает правило - в смысле "доказывает его существование", а не "делает правило более верным вопреки контрпримеру".

По дороге в живой язык смысл деформировался до абсурдного: "есть исключение? Значит, правило все равно правильное!". Это логическая инверсия оригинала. В латинском "probat" - доказывает существование. В русском народном понимании - оправдывает наличие контрпримера.

Сейчас это выражение используется почти исключительно как риторическая уловка: человек нашел контрпример к своему тезису, но отказывается пересматривать тезис. Это классическая логическая ошибка, и никакой латинский Цицерон тут не поможет.