Версий несколько, и историки до сих пор расставляют акценты по-разному.
Первая - системная. Опричнина к 1570 году зашла в тупик. Террор нуждался в постоянной подпитке - новых врагах, новых конфискациях. Новгородские земли были исключительно богаты, тамошние монастыри аккумулировали колоссальные средства. Погром решал ресурсную задачу.
Вторая - психологическая и политическая. Новгород в народной памяти сохранял ореол вечевой вольности, горизонтальных связей, альтернативной модели управления. Даже лишенный независимости, он был символом. Грозный уничтожал не реальную угрозу, а символический прецедент.
Третья - конкретно-оперативная. Действительно существовал донос о переговорах новгородских бояр с Литвой. Насколько он был достоверен - вопрос открытый. Но в логике опричного государства донос не нуждался в верификации.
Скарынова и Скрынников (основной специалист по опричнине) склоняется к тому, что все три мотива работали одновременно.
Про Скрынникова отдельное спасибо, возьму его в библиографию к семинару.