Буква Я появилась в кириллице позже других букв - только в XVI веке. До этого звук [ja] обозначался сочетанием букв (юс малый йотированный или просто "иа").

Когда Я ввели в алфавит, все остальные буквы уже имели устоявшийся порядок, унаследованный от греческого алфавита и церковнославянской традиции. Новую букву просто добавили в конец, чтобы не ломать привычную последовательность.

Реформа Петра I (1708-1710) и реформа 1918 года убрали некоторые старые буквы, но Я так и осталась последней.

Еще интересный факт: в старославянском алфавите было 43 буквы, а сейчас 33. Многие буквы вылетели из употребления (ять, ижица, фита), но порядок основных сохранился.

Я добавилась поздно, поэтому в хвост.

Есть народная поговорка "Я - последняя буква в алфавите", которой учат детей скромности. Мол, не выпячивай свое "я".

Но это уже вторичное осмысление, поговорка появилась ПОСЛЕ того как Я стала последней, а не наоборот.

Технически Я не совсем "А" фонетически. Это йотированная гласная [jа], то есть фактически два звука. Поэтому ее не ставили рядом с А, которая обозначает чистый звук [а].

В кириллице йотированные гласные (Я, Ю, Е, Ё) имели особый статус и добавлялись по мере необходимости.

просто когда создавали алфавит не подумали про логику а потом менять было поздно уже все привыкли