Разница химическая и очень принципиальная.
Натуральная ваниль - это стручок орхидеи Vanilla planifolia. Внутри несколько сотен ароматических соединений: ванилин, пиперональ, гваякол, анисовый альдегид и еще куча всего. Именно их сочетание дает тот сложный, глубокий аромат, который ни с чем не спутаешь.
Ванилин (порошок в пакетике) - синтетическое воспроизведение только одной молекулы. Чаще всего его делают из гваякола (нефтехимия) или лигнина (отходы целлюлозного производства). Один компонент вместо нескольких сотен.
Для домашнего бисквита или кексов ванилин работает отлично - после выпечки разница почти не ощущается, запах схожий. Но в кремах, муссах, мороженом и кастарде, где ваниль не нагревается - натуральная выигрывает ощутимо. Стручки особенно ценны в холодных десертах.