Причин несколько, и они переплетены. Попробую разложить.
1. Политическая раздробленность севера vs консолидация юга
Южная Германия к XVI веку была плотнее интегрирована в имперские структуры. Габсбурги (Австрия, Тироль), Виттельсбахи (Бавария) были крупными, сильными династиями, тесно связанными с папским двором. У них не было политического мотива поддерживать Реформацию, потому что их легитимность строилась на связи с Римом.
Северо-восточные княжества были мельче, беднее и политически маргинальнее внутри империи. Для курфюрста Саксонии Фридриха Мудрого поддержка Лютера была способом усилить свою автономию от императора. Реформация давала юридическое обоснование: "Cuius regio, eius religio" (чья власть, того и вера) закрепило это в Аугсбургском мире 1555 года, но де-факто северные князья пользовались этим принципом задолго до.
2. Экономический фактор: церковная десятина и монастырские земли
Север был беднее юга. Южнонемецкие города (Аугсбург, Нюрнберг) богатели на торговле с Италией. Банкирский дом Фуггеров кредитовал и Папу, и Императора. Торговые элиты юга зависели от стабильных отношений с Римом.
На севере секуляризация монастырских земель была мощным экономическим стимулом. Князья получали огромные территории, конфискуя церковную собственность. Это был не абстрактный вопрос веры, а конкретный вопрос земли и доходов.
3. Культурный фактор: романская vs германская идентичность
Юг Германии (особенно Рейнланд) веками был частью романского культурного пространства. Города были основаны римлянами (Кёльн = Colonia, Трир = Augusta Treverorum). Церковная культура была вплетена в идентичность.
Северо-восток был территорией позднего освоения (Ostsiedlung, XII-XIV века). Связь с Римом была слабее. Церковные структуры были моложе и менее укоренены. Реформация легче ложилась на почву, где не было 800-летних соборов и монастырей.
4. Тевтонский Орден
Отдельная история. Великий магистр Альбрехт Бранденбургский принял лютеранство в 1525 году и секуляризировал Орден, превратив его в Герцогство Пруссию. Один ход, и огромная территория на северо-востоке стала протестантской.
5. Контрреформация на юге
Стоит учесть и обратный процесс. Юг не просто "остался" католическим, его активно удерживали. Иезуиты (основаны 1540) были мощнейшим инструментом. Баварские Виттельсбахи сознательно давили протестантов. Без их усилий юг, возможно, тоже ушел бы.
Так что ответ не в одном факторе, а в комбинации: политическая выгода мелких князей, экономический стимул секуляризации, слабость церковных институтов на севере и активная контрреформация на юге.