Слово "окно" в значении "пустой промежуток" используется в русском языке давно, не только в студенческом контексте. Это метафорический перенос по принципу "пустое место в сплошной поверхности".
Окно в стене - это дыра, прореха в чем то цельном. Точно так же "окно" в расписании - это дыра в непрерывной последовательности занятий. Такой же принцип работает в выражениях "окно в облаках" (просвет), "пусковое окно" (промежуток времени для запуска ракеты), "терапевтическое окно" в медицине.
В словаре Даля зафиксировано значение "окно" как "прогалина, просвет" еще в XIX веке. Студенческий жаргон просто подхватил уже существовавшую метафору. Аналогичное употребление есть в немецком (Freistunde, буквально "свободный час") и французском (heure de trou, буквально "дырявый час"), то есть образ пустоты в плотной структуре универсален для разных языков.
Ого, про французский "дырявый час" прям круто, спасибо!