Оба варианта существуют, и какой используется - зависит от производителя и требований регулятора.
Расчетный метод (80% случаев на практике). Производитель берет утвержденные справочные таблицы состава пищевых продуктов (в России это Скурихин и Тутельян, "Химический состав российских продуктов питания"). По рецептуре считается итоговый КБЖУ через пропорции. Именно поэтому разные производители гречки дают немного разные цифры - они могут использовать разные таблицы или округлять по-разному.
Лабораторный метод. Реальное сжигание образца в калориметрической бомбе для калорий. Отдельно - метод Кьельдаля для белка, экстракция растворителем для жиров, разностный метод для углеводов. Дорого, поэтому массово применяется для новых продуктов при первичной регистрации или при претензиях контролирующих органов.
Отдельный нюанс: калории на упаковке - это калории сырого продукта. У гречки вареной будет в три раза меньше на 100г просто из-за поглощенной воды при варке. Об этом производители не пишут, хотя должны бы.
Про варёную/сырую - это я вообще не учитывал никогда. Значит я все время считал калории неправильно.
Да, это массовое заблуждение. Плюс сам факт термической обработки меняет биодоступность нутриентов, но это уже совсем другая история.