Добавлю про сравнение с европейскими фаворитами. Это интересный угол. Годунов современен Лейстеру при Елизавете I и примерно совпадает по времени с формированием института первых министров во Франции (до Ришелье, но уже после Гизов). Принципиальное отличие: западные фавориты существовали в системе с хотя бы формальными институциональными ограничителями - парламент, сословные собрания. Годунов действовал в системе где единственным ограничителем была воля государя. Поэтому его власть держалась на личной близости к Федору через Ирину, а не на институциональной базе. Как только Федор умер - Годунову пришлось проходить через земский собор 1598 года, легитимизируясь заново.

Есть версия, и она не маргинальная, что Годунов был причастен к гибели царевича Димитрия в Угличе в 1591 году. Это устраняло потенциального конкурента за трон. Следствие Василия Шуйского вынесло вердикт "несчастный случай", но сам Шуйский потом дважды менял показания в зависимости от политической конъюнктуры. Это так и остается одним из главных нераскрытых дел русской истории.

Пушкинская трагедия "Борис Годунов" конечно художественное произведение, но там очень точно схвачена главная проблема его власти - проблема легитимности. Вся трагедия строится на том, что власть добытая хитростью и, возможно, преступлением, не имеет прочного основания. Современная историография в целом с этим согласна: Годунов был блестящим политиком, но основал власть на личных связях, а не на принципе. Смута после его смерти - прямое следствие.