Разница концептуальная и принципиальная.

Самадхи в адвайта-веданте Шанкары - это нирвикальпа самадхи, полное растворение индивидуального сознания (дживы) в Брахмане. Субъект исчезает, остается только Атман тождественный Брахману. Никакого "я", никакого объекта, никаких отношений. Конечная точка: исчезновение различия.

Вайшнавская традиция (Рамануджа, Мадхва, а ИСККОН в основном следует Мадхве через Чайтанью) фундаментально не согласна с этим. Там джива (индивидуальная душа) вечно отлична от Бхагавана (Кришны, Вишну). Высшее состояние не слияние, а вечное блаженное служение в полном осознании. Бхакти это и путь и цель одновременно.

Про "самадхи" в вайшнавизме тоже говорят, но под этим словом имеют в виду транс углубленного памятования о Кришне, нечто совсем иное чем нирвикальпа самадхи Шанкары.

Оба пути претендуют на мокшу, но мокша понимается противоположно.

С вайшнавской стороны дополню.

Шрила Прабхупада (основатель ИСККОН) прямо и жестко критиковал адвайту в своих комментариях. Он называл позицию "ахам брахмасми" (я есть Брахман) неполным пониманием. По его словам, это как осознать что ты не болен, но не понять что делать дальше. Полное осознание - это чидананда, вечное блаженное служение Кришне в своей духовной форме.

Для вайшнава нирвикальпа самадхи адвайты - это брахманирвана, промежуточный и даже нежелательный этап, потому что там нет лилы, нет любви, нет отношений. Духовная пустота, пусть и бесконечная.

Вопрос о том "одна цель или разные" - это холивар внутри самой индийской философии длиной в 800 лет. Единого ответа нет.

Практикую крийя-йогу уже 8 лет и скажу вот что: с точки зрения практики разница ощущается совершенно физически, в метафорическом смысле. В безобъектной медитации (которая ведет к самадхи по Патанджали) ты двигаешься к растворению центра. В практике памятования имени Кришны (джапа, которую практикуют в ИСККОН) ты двигаешься к насыщению этого центра конкретным присутствием. Это разные векторы движения внимания. Куда они приводят в конце - не знаю, я еще не там.