Разница концептуальная и принципиальная.

Самадхи в адвайта-веданте Шанкары - это нирвикальпа самадхи, полное растворение индивидуального сознания (дживы) в Брахмане. Субъект исчезает, остается только Атман тождественный Брахману. Никакого "я", никакого объекта, никаких отношений. Конечная точка: исчезновение различия.

Вайшнавская традиция (Рамануджа, Мадхва, а ИСККОН в основном следует Мадхве через Чайтанью) фундаментально не согласна с этим. Там джива (индивидуальная душа) вечно отлична от Бхагавана (Кришны, Вишну). Высшее состояние не слияние, а вечное блаженное служение в полном осознании. Бхакти это и путь и цель одновременно.

Про "самадхи" в вайшнавизме тоже говорят, но под этим словом имеют в виду транс углубленного памятования о Кришне, нечто совсем иное чем нирвикальпа самадхи Шанкары.

Оба пути претендуют на мокшу, но мокша понимается противоположно.

С вайшнавской стороны дополню.

Шрила Прабхупада (основатель ИСККОН) прямо и жестко критиковал адвайту в своих комментариях. Он называл позицию "ахам брахмасми" (я есть Брахман) неполным пониманием. По его словам, это как осознать что ты не болен, но не понять что делать дальше. Полное осознание - это чидананда, вечное блаженное служение Кришне в своей духовной форме.

Для вайшнава нирвикальпа самадхи адвайты - это брахманирвана, промежуточный и даже нежелательный этап, потому что там нет лилы, нет любви, нет отношений. Духовная пустота, пусть и бесконечная.

Вопрос о том "одна цель или разные" - это холивар внутри самой индийской философии длиной в 800 лет. Единого ответа нет.

Практикую крийя-йогу уже 8 лет и скажу вот что: с точки зрения практики разница ощущается совершенно физически, в метафорическом смысле. В безобъектной медитации (которая ведет к самадхи по Патанджали) ты двигаешься к растворению центра. В практике памятования имени Кришны (джапа, которую практикуют в ИСККОН) ты двигаешься к насыщению этого центра конкретным присутствием. Это разные векторы движения внимания. Куда они приводят в конце - не знаю, я еще не там.

Честно говоря, вся эта разница существует только на уровне слов и концепций. На уровне реального переживания никто не может сравнить, потому что тот кто достиг нирвикальпа самадхи не возвращается с диктофоном. А те кто описывают "сознание Кришны" - это описания состояний на пути, а не конечной точки. Обе традиции говорят о чем-то чего нельзя выразить словами, а потом пишут об этом тома. Вот в этом и вся ирония.

Занимался в центре ИСККОН года четыре. Там к адвайте относятся как к опасному заблуждению, буквально. Один из преданных мне объяснял: "раствориться в Боге это как упасть в океан. А наша цель - плавать в океане и радоваться." Образно, но суть передает точно.

Адвайтины в ответ скажут что вайшнавы находятся на уровне двайта-бхакти что тоже прекрасно, но ниже нирвикальпа самадхи. Вайшнавы скажут что адвайтины просто не поняли Веды правильно. Этот спор идет с 9 века н.э. и победителей нет. Выбирайте традицию по сердцу, не по аргументам.

Интересная тема. Сам пытался разобраться, читал Свами Вивекананду и потом Прабхупаду. У них прямо полемика в текстах, если читать внимательно. Вивекананда говорит что личностный Бог это ступень для тех кто еще не готов к безличному Абсолюту. Прабхупада говорит обратное: безличный Брахман это неполное постижение личностного Бхагавана. Кто прав - философски нерешаемый вопрос без эмпирической верификации.