Может, и неоднократно была.
Самый хрестоматийный пример, конечно, марризм. Николай Марр создал "новое учение о языке", где утверждал что все языки мира произошли от четырех первоэлементов (сал, бер, йон, рош) и развиваются стадиально по марксистской схеме. Языки якобы проходят стадии, соответствующие общественно-экономическим формациям. Бред с точки зрения науки, но Марр получил колоссальную поддержку советского государства, потому что его теория "доказывала" что языки подчиняются тем же законам, что и экономика. Сравнительно-историческое языкознание объявили буржуазным. Несогласных травили.
Парадокс в том что марризм уничтожил лично Сталин в 1950 году. Статья "Относительно марксизма в языкознании" в Правде. Вождь народов выступил лингвистом и сказал что язык не надстройка. После этого марристов убрали.
Но это далеко не единственный случай:
-
В нацистской Германии лингвистику использовали для обоснования "арийского" происхождения германских народов. Индоевропеистику переименовали в "индогерманистику" и активно пропагандировали тезис о расовом превосходстве через якобы лингвистические данные.
-
На Балканах до сих пор идут споры: сербский, хорватский, боснийский и черногорский языки, или это один сербохорватский язык. Ответ зависит целиком от политической конъюнктуры. Лингвистически различия минимальны, но попробуйте сказать хорвату что он говорит на сербском.
-
Аналогичная история с молдавским и румынским. В советское время молдавский объявили отдельным языком, перевели на кириллицу. После распада СССР Молдова вернула латиницу и название "румынский".
-
В Китае политическое решение считать все "диалекты" китайского одним языком, хотя носитель кантонского не поймет мандаринский на слух. Это один язык только потому что одна страна.
Граница между наукой и идеологией размывается ровно в тот момент, когда ученый отвечает на вопрос "это отдельный язык или диалект?". Знаменитая формула Вайнрайха: "Язык это диалект, у которого есть армия и флот".
Так что ответ на ваш вопрос: лингвистика как методология (фонетический анализ, синтаксические деревья, корпусная лингвистика) идеологизирована быть не может. А вот интерпретация результатов и классификации идеологизированы почти всегда, когда дело касается статуса языков и народов.
Про Вайнрайха в точку. Политика решает, наука потом обслуживает решение