Механизм многоуровневый, работает несколько систем одновременно.
Механорецепторы. В стенках желудка есть рецепторы растяжения. Когда пища поступает, желудок растягивается, это запускает перистальтику - волнообразные сокращения для перемешивания. Когда объем уменьшается (часть уже ушла в кишечник), интенсивность сокращений меняется.
Хеморецепторы. Слизистая желудка чувствует pH среды и наличие определенных молекул. Белковая пища требует больше соляной кислоты и пепсина для расщепления. Углеводы частично перевариваются еще во рту амилазой слюны, желудку с ними меньше работы.
Гормональная регуляция. Главный игрок - гастрин. Выделяется G-клетками желудка когда в него попадает пища, особенно белковая. Стимулирует выработку кислоты. Когда pH падает достаточно низко (пища переварилась), выработка гастрина тормозится.
Пилорический сфинктер. Это мышечный клапан между желудком и двенадцатиперстной кишкой. Он не просто "открывается когда готово". Он пропускает содержимое порциями, небольшими порциями. Двенадцатиперстная кишка в ответ выделяет холецистокинин и секретин - эти гормоны замедляют опорожнение желудка если кишечник еще не справился с предыдущей порцией.
Почему белки дольше. Белковые молекулы крупные и сложные, их надо денатурировать кислотой и разрезать пепсином на мелкие пептиды. Это занимает 3-5 часов. Простые углеводы уже частично расщеплены и проходят быстрее. Жиры вообще отдельная история - они всплывают наверх и выходят последними, плюс стимулируют выброс холецистокинина который тормозит всю систему.
То есть желудок не "понимает" в сознательном смысле. Это автоматическая система с обратными связями: химия, механика, гормоны, нервная система - все работает вместе.
Шикарный ответ, именно то что хотел узнать. Особенно интересно про обратную связь с двенадцатиперстной.