То что ты описываешь при пробуждении - это нормальная физиология. Называется "сонный инерционный паттерн". Мозг при пробуждении из глубокого сна (особенно из медленной фазы) не сразу восстанавливает полную когнитивную функцию. Буквально несколько секунд или минут префронтальная кора работает вполсилы, и система временной ориентации просто не успела загрузиться.
При выходе из монотонного занятия - тоже объяснимо. Мозг во время потока или рутины переключается в режим автопилота, внутренние часы "засыпают", и при переключении контекста нужен момент чтобы заново откалиброваться.
Когда надо насторожиться: если эпизоды длятся больше 2-3 минут, случаются без предшествующего сна или монотонии, сопровождаются головной болью, тошнотой или ощущением что время идет не так (не "где я?", а "когда я?" на более глубоком уровне) - это уже повод к неврологу. Транзиторные эпизоды дезориентации могут быть аурой при некоторых формах эпилепсии или симптомом ТИА.