Это юридическая и политическая механика одновременно.

С юридической стороны: срок полномочий губернатора фиксирован. Чтобы назначить выборы на другую дату или переконфигурировать команду без ожидания конца срока, нужно формальное основание. Заявление об отставке "по собственному желанию" это основание создает. Без него Кремль формально связан сроками.

С политической стороны: отставка по собственному желанию сохраняет лицо всем участникам. Губернатора не увольняют публично (что читалось бы как его провал и недоверие Москвы), он сам уходит. Это дает возможность назначить его в другое место без токсичного шлейфа "снятого за провалы".

Для самого губернатора это еще и переговорный инструмент. Написал заявление - дальше идет торг о следующей должности, сохранении команды, судьбе инфраструктурных проектов. Торговаться проще пока заявление еще не принято.

Добавлю технический момент. Статус врио (временно исполняющего обязанности) дает Кремлю гибкость. Врио не избран, он назначен. Он может делать вещи которые избранный губернатор делать политически сложнее (менять замов, пересматривать контракты, входить в конфликт с региональными элитами). После выборов он получает мандат. До выборов у него развязаны руки.

Есть еще календарная логика. Единый день голосования в России - сентябрь. Чтобы успеть провести выборы, нужно заблаговременно запустить процедуру. Если срок губернатора заканчивался бы, например, в феврале, пришлось бы ждать семь месяцев до выборов с хромой уткой у власти. Отставка заранее позволяет синхронизировать всё с сентябрем.