Вопрос сложный и однозначного ответа на него нет. Попробую изложить позицию, которая более-менее устоялась в современной историографии.
Короткий ответ: материалы следственных дел 1930-х годов использовать можно, но как исторический источник особого рода, требующий специфической методики работы.
Теперь развернуто.
Следствие по политическим делам в 1930-х прошло несколько фаз. В 1936-1938 (Большой террор) качество следствия упало до минимума. Существовали плановые цифры арестов (приказ НКВД No 00447), лимиты по "первой категории" (расстрел) и "второй" (лагерь). Следователи работали в условиях конвейера, дела штамповались за дни. Протоколы допросов часто писались заранее, обвиняемый просто подписывал. Физическое давление было санкционировано на уровне Политбюро (шифротелеграмма Сталина от 10 января 1939 года прямо подтверждает это).
В таких условиях отделить реальное от сфабрикованного внутри самого дела почти невозможно. Признание обвиняемого ничего не доказывает (выбито). Показания свидетелей ничего не доказывают (тоже арестованы или запуганы). Вещественных доказательств в подавляющем большинстве дел нет.
Однако историки работают не только с делами. Перекрестная проверка по другим источникам иногда дает результат:
- Партийная переписка (фонды РГАСПИ) может подтвердить или опровергнуть факт принадлежности к оппозиционной группе.
- Дипломатические архивы (в том числе иностранные) иногда подтверждают контакты с иностранными разведками.
- Ведомственные архивы (промышленность, транспорт) позволяют проверить обвинения во "вредительстве": была ли реальная авария, каковы ее технические причины.
Известный пример: дело "Промпартии" (1930). Современные исследователи (в частности, работы С.А. Красильникова) показали, что часть обвинений в саботаже на предприятиях имела реальную основу, но была гротескно раздута и превращена в "заговор" с участием иностранных спецслужб.
Другой пример: дело Тухачевского (1937). До сих пор нет консенсуса. Одни историки (В. Лесков) считают что немецкая дезинформация через Гейдриха сыграла роль. Другие (Ю. Кантор) полагают что Сталин просто устранял потенциально опасных военачальников, а "доказательства" были полностью сфабрикованы.
Вывод: качество следствия не позволяет разобраться на основании одних лишь следственных дел. Но при сопоставлении с внешними источниками картина иногда проясняется. Процент реальных "злоумышленников" среди репрессированных оценивается современными историками как крайне низкий, но ненулевой.