Корни намного глубже коммунизма. Тут наслоение нескольких факторов за последние 600 лет.
Гуситские войны (XV век). Ян Гус выступил против католической церкви за 100 лет до Лютера. Его сожгли, Чехия взорвалась войнами. Это заложило в чешскую идентичность антиклерикализм как культурный код. Церковь = чужая власть. Это ощущение никуда не делось.
Битва на Белой Горе (1620). Чехов насильно рекатолизировали Габсбурги. Протестантская чешская элита была уничтожена, на ее место пришла немецкоязычная католическая. Католицизм стал ассоциироваться с оккупацией и утратой национальной идентичности. В Польше ровно наоборот: католицизм = сопротивление разделам, национальная гордость.
Первая республика (1918-1938). Масарик, основатель Чехословакии, сам был скептик и критик организованной религии. Новая республика строилась на секулярных ценностях. Массовый выход из католической церкви, создание Чехословацкой гуситской церкви как альтернативы.
Коммунизм (1948-1989). Да, антирелигиозная пропаганда работала. Но она легла на уже подготовленную почву. В Польше церковь была оппозицией режиму (Войтыла, Солидарность). В Чехии церковь не играла этой роли, у чехов антикоммунистическое сопротивление шло через интеллигенцию и культуру (Гавел, Хартия 77), а не через религию.
Итого: чешский атеизм - результат веков ассоциации церкви с чужой властью. В Польше церковь = "наше", в Чехии церковь = "навязанное".
Про Белую Гору и рекатолизацию вообще не знал. Теперь контраст с Польшей понятен, спасибо за развернутый ответ