С точки зрения библеистики (это академическая наука, не богословие) противоречия обусловлены тем, что Библия - это не одна книга. Это антология текстов, написанных разными авторами на протяжении примерно тысячи лет (с XII по II в. до н.э. для Ветхого Завета) и отредактированных несколькими разными школами.
Конкретно два рассказа о творении в Бытие - это результат работы документальной гипотезы (JEDP). Ученые выделяют минимум четыре независимых источника Пятикнижия: Яхвист (J), Элохист (E), Девтерономист (D) и Жреческий кодекс (P). Бытие 1 - это текст источника P (жреческий, более поздний, структурированный, с семидневной схемой). Бытие 2 - текст источника J (более ранний, антропоморфный Бог, другой порядок творения). Редакторы сохранили оба варианта, не стараясь их "склеить" - видимо, оба текста уже имели слишком высокий авторитет чтобы что-то выкидывать.
Про жестокость - там другой пласт проблемы. Понятие "Бога" эволюционировало. Ранние тексты отражают племенного бога-покровителя израильтян (Яхве), который активно враждебен к врагам своего народа. Поздние тексты (пророки, особенно Исайя 2, части Псалмов) двигаются к универсализму и милосердию. Это не противоречие, это фиксация религиозной эволюции за несколько веков.
Про JEDP не знал вообще. Это меняет подход к чтению кардинально. Есть что нибудь почитать на русском по документальной гипотезе?
Ричард Фридман "Кто написал Библию" - на русском есть, вполне доступно изложено для не-специалиста.