Вопрос легитимности Учредительного собрания распадается на несколько слоев, и каждый дает свой ответ.
Формально-юридический слой. Выборы были назначены Временным правительством, проведены уже после его свержения, но по его правилам и спискам. С формальной точки зрения, орган назначенный одним правительством и проведенный при другом имеет спорный статус. Но сами большевики до октября требовали скорейшего созыва УС, то есть признавали его будущую легитимность.
Представительный слой. Выборы в УС были первыми в истории России всеобщими выборами. Голосовали мужчины и женщины с 20 лет, все сословия. Явка составила около 50%, что для воюющей страны в состоянии распада неплохо. По этому критерию УС было более легитимным чем любой предшествующий орган власти в России.
Проблема эсеровских списков. Ваш аргумент про списки корректен. Партия социалистов-революционеров раскололась на правых и левых эсеров уже после составления избирательных списков. Левые эсеры поддержали большевиков и Октябрьский переворот, но в списках они шли вместе с правыми эсерами. Избиратель голосуя за "эсеров" не мог выбрать между Черновым и Спиридоновой. Это делает результаты выборов (40% за эсеров) трудноинтерпретируемыми.
Позиция большевиков. Ленин сформулировал ее в "Тезисах об Учредительном собрании": республика Советов есть более высокая форма демократии чем парламентская республика. По его логике, Советы, избранные на заводах и в казармах, точнее отражают волю трудящихся чем всеобщее голосование где голоса помещика и батрака равны. Можно не соглашаться с этой логикой, но она была последовательной.
Итого. УС было легитимно в том смысле что это были самые демократические выборы в истории России на тот момент. Но оно было уязвимо: проблема списков, отсутствие механизмов принуждения к исполнению решений, и главное, у него не было вооруженной силы. Легитимность без силы в условиях гражданской войны мало чего стоит.
Про "легитимность без силы" очень точно сказано. По сути УС стало заложником того что за ним не стояло ни одной армии