У нас похожая история была. Решили так: в 1С сделали простой реестр ожидаемых документов, туда менеджер вносит номер накладной и дату отгрузки прямо при формировании. Раз в неделю по фильтру выгружаем список где статус "не получен" больше 14 дней - и менеджер (не бухгалтер!) звонит и спрашивает. Ключевой момент - звонит менеджер, потому что у него отношения с клиентом. Бухгалтер звонящий контрагенту это всегда стресс и конфликт.

ЭДО. Переводите контрагентов на электронный документооборот - Диадок, СБИС, что угодно. Нет бумаги - нет проблемы возврата. Да, будет сопротивление от малых контрагентов, но крупных можно перевести достаточно быстро.

В нормально настроенной 1С:Бухгалтерии 3.0 есть встроенный контроль состояния взаиморасчетов, но для контроля именно физического возврата документов - там нет готового инструмента из коробки. Придется либо кастомизировать через доработку конфигурации (дорого), либо вести параллельный реестр как советуют выше.

Прописать в договоре обязанность возврата документов в течение 5 рабочих дней и ответственность за нарушение. Юридически это дает основание для претензии. На практике - когда контрагент видит что в договоре это есть, документы волшебным образом возвращаются быстрее.

Работаю в оптовой торговле 18 лет. Скажу честно: никакая система не заменит человека который за это отвечает. У нас была отдельная штатная единица - администратор документооборота. Не бухгалтер, не менеджер. Человек который знает каждую накладную, каждого водителя, каждого кладовщика у контрагента лично. КПД был под 95% возврата. Когда эту ставку сократили в кризис - начался хаос.

у нас просто эксель, листик один на всех, цвет меняем руками - зеленый вернули красный нет. смешно конечно но для 15 контрагентов работает уже три года