Официально: ни NASA, ни ЕКА, ни Роскосмос никогда не подтверждали ни одного задокументированного случая. Контракты астронавтов содержат пункты о профессиональном поведении, и секс в космосе формально под это подпадает как потенциальный источник конфликтов внутри экипажа.
Физически это крайне сложно. В невесомости тела отталкиваются от любого контакта, нет нормальной опоры. Нужна третья точка фиксации, иначе пара просто разлетается в стороны. Плюс закрытое пространство - на МКС нет ни одного изолированного модуля, где можно было бы остаться наедине более чем на несколько минут без ведома остального экипажа.
С точки зрения физиологии: в невесомости кровь перераспределяется в верхнюю часть тела (отсюда одутловатые лица на фото). У мужчин это теоретически осложняет эрекцию. Есть единственное исследование 1996 года от NASA (STS-47), где в экипаже была женатая пара - Марк Ли и Джен Дэвис. Что происходило за закрытыми дверями спальных мешков, никто официально не раскрыл.
Короче: почти наверняка было. Доказательств нет. Никто не признается.
Про миссию STS-47 не знал, спасибо. Про кровь в голове тоже интересно, не задумывался об этом аспекте.