Коротко: фундаментального запрета нет. Это вопрос комбинаторной вероятности.

Теперь подробно. Ты правильно сузил вопрос до STR-маркеров (микросателлитов), а не полного генома. Это сильно упрощает задачу, потому что STR-профиль у растений обычно строится по 8-15 локусам, в каждом из которых аллель определяется числом тандемных повторов.

Мутации в микросателлитах происходят по механизму проскальзывания ДНК-полимеразы (replication slippage). Частота таких мутаций у растений порядка 10^-3 - 10^-4 на локус на поколение, что на несколько порядков выше чем точечные замены. Причем мутации в STR чаще всего stepwise: добавляется или убирается ровно один повтор.

Теперь про "откат к предку". Допустим, у предка в локусе X было 12 повторов. У текущего растения 15 повторов (три мутации за N поколений). Чтобы вернуться к 12, нужны три последовательные делеции по одному повтору в одном локусе. Вероятность одной такой мутации ~10^-3, трех последовательных ~10^-9. Это для ОДНОГО локуса.

Чтобы совпал весь профиль из, скажем, 10 локусов, нужно чтобы такой "откат" произошел одновременно во всех несовпадающих локусах. Если предположить что из 10 локусов 6 и так совпадают (растения одного вида, общие аллели встречаются часто), то нужен откат в 4 локусах.

В химере это чуть интереснее. Разные клеточные слои (L1, L2, L3) уже имеют разные генотипы. Если мутация в одном из слоев случайно приведет аллель к значению, совпадающему с аллелем предка, это не запрещено никаким законом. Мутации случайны и не "знают" истории.

Итого: теоретически возможно, практически нереалистично для полного профиля. Для единичного локуса вполне вероятно, особенно если разница с предком всего в 1-2 повтора.