Можно написать скрипт на PowerShell, который будет мониторить окна и принудительно убивать процесс по заголовку или классу окна. Закинуть его в планировщик задач при старте системы.

while ($true) {
  Get-Process | Where-Object {$_.MainWindowTitle -eq ""} | Stop-Process -Force -ErrorAction SilentlyContinue
  Start-Sleep -Seconds 5
}

Правда этот скрипт может убить и полезные процессы без заголовка, так что используй на свой страх и риск.

Лечить симптом, а не болезнь - путь в никуда. Винда не показывает пустые окна просто так. У вас отвалился какой то COM-объект или служба .NET Framework.
Вместо того чтобы искать костыли, откройте Event Viewer (Просмотр событий) -> Журналы Windows -> Приложение. Посмотрите какое событие с красным крестом появляется в ту секунду, когда выскакивает окно. Там будет указан сбойный модуль. Его и надо удалять или переустанавливать.

Скачайте утилиту Process Monitor от Sysinternals. Запустите ее до появления ошибки. Когда окно вылезет, нажмите на иконку прицела в панели инструментов и перетащите ее прямо на это пустое окно. Программа подсветит процесс, который отрисовал эту форму. Абсолютно рабочий метод для любых окон-призраков.

Короче: Диспетчер задач -> вкладка Автозагрузка -> отрубаешь вообще ВСЕ. Перезагружаешься. Окна нет? Включаешь по одному пока не найдешь виновника.

У меня такое было после установки пиратского офиса. Там активатор криво прописался в планировщик заданий. Зайди в Task Scheduler и посмотри задания, которые запускаются при входе в систему (At log on). Наверняка там висит какой нибудь vbs скрипт.

Такая же проблема после апдейта КБ503... Номер не помню. Ничего не помогает, жду фикса от майкрософт

Просто переустанови винду с форматированием диска С. Займет 20 минут времени зато очистишь все хвосты.