Или через браузер - если качал через сайт disk.yandex.ru а не через приложение, то в браузере Ctrl+J откроет менеджер загрузок и там будет крестик отмены.

Если через приложение - то только через диспетчер задач как написали выше.

Для тех кто нашел этот вопрос через поиск и хочет постоянного контроля над загрузками: в настройках приложения Яндекс Диска есть пункт "Скорость соединения" - можно ограничить полосу загрузки чтобы не забивало весь интернет, пока идет большое скачивание. Кнопки паузы для скачивания через веб-интерфейс у них действительно нет, это давний баг-или-фича.

Это намеренно сделано чтоб ты не мог легко отменить и продолжить. Хотят чтобы ты купил подписку с "приоритетной загрузкой". Классика яндекса - сломать бесплатную версию так чтобы ты сам пришел платить.