Интеграция этих трех линий - действительно сложная задача, потому что они исходят из принципиально разных онтологий пространства.

Лотман работает с пространством как со структурой значений: граница не разделяет два куска территории, а порождает оппозицию "свое/чужое", из которой вырастает любое описание мира. Пространство у него первично символично.

Де Серто берет противоположный угол: место (lieu) - это стабильная конфигурация, которую устанавливает власть и планировщики, а пространство (espace) возникает только в практике, в движении. Пространство - это место, обжитое ходьбой, разговором, повседневным использованием. Здесь акцент на агентности пользователя против структуры.

Фуко в гетеротопиях занят чем-то третьим: реальными местами, которые обслуживают воображаемое общества - зеркалят его нормы, выворачивают их наизнанку или создают компенсаторные утопии в материальной форме (корабль как гетеротопия по преимуществу).

Попытки синтеза есть. Дорин Мэсси в "For Space" (2005) предлагала думать о пространстве как о"одновременности историй" - что частично перекликается и с де Серто, и с постколониальными прочтениями Лотмана. Эдвард Соджа с его триалектикой (thirdspace) пытался удержать вместе физическое, воображаемое и прожитое. Из отечественных - Замятин работал на стыке геокультуры и семиотики, хотя и в другом регистре.

Куда движется дисциплина сейчас: в сторону не-репрезентативных теорий (Найджел Трифт), которые вообще выносят за скобки семиотические модели и работают с аффектом и практикой напрямую. Это радикальный разрыв с лотмановской традицией.

Мне кажется, что ощущение "три описывают разные уровни" - это не баг, а фича. Они буквально разработаны для разных исследовательских вопросов и не обязаны складываться в единую модель.

Лотман отвечает на вопрос "как культура кодирует мир". Де Серто - "как человек обживает структуру, навязанную сверху". Фуко - "как власть материализуется в пространстве".

Попытки принудительного синтеза обычно дают эклектику, а не теорию. Продуктивнее выбрать один язык описания под конкретную исследовательскую задачу и использовать остальных как контекст или как критику.

Посмотрите в сторону Анри Лефевра и его "Production de l'espace" (1974). Он предшествует всем троим и строит именно триалектику: воспринимаемое - задуманное - прожитое. Соджа фактически его переписывает на американскую аудиторию. Лефевр - это точка сборки, от которой можно протянуть нити и к Фуко, и (с оговорками) к де Серто.