Грубо упрощая: бактерия - это живая клетка. Ест, дышит, размножается сама. Вирус - это не клетка вообще. Это кусок генетического кода в белковой оболочке. Сам по себе не живет, не размножается. Вирусу нужна чужая клетка чтобы забраться внутрь и заставить ее делать копии вируса.
Антибиотики работают так: атакуют специфические структуры бактериальной клетки (клеточную стенку, например). У вируса клетки нет - атаковать нечего. Поэтому антибиотик против вируса бесполезен примерно как молоток против тени.
Организм борется по-разному. С бактериями - фагоциты буквально пожирают их. С вирусами - зараженная клетка должна сама себя уничтожить (апоптоз) или другие клетки иммунитета убьют ее вместе с вирусом. Отсюда температура, слабость - это не вирус тебя жарит, это твой иммунитет работает в полную мощность.