Вопрос хороший и неоднозначный. Попробую развернуто.
Была ли вся живопись религиозной?
Нет, но доля светского искусства зависит от столетия и региона. В раннем средневековье (до XII века) почти все дошедшие до нас произведения действительно религиозные: манускрипты, фрески, мозаики в храмах. Светские заказы существовали (геральдика, портреты правителей, батальные сцены), но они хуже сохранились, потому что церкви стоят веками, а замки горят и перестраиваются.
С XII-XIII века светское искусство становится заметнее. Рыцарские романы получают богатые иллюстрации ("Тристан и Изольда", "Роман о Розе"). Появляются охотничьи сцены, куртуазные сюжеты на гобеленах, светские фрески в замках. К XIV веку братья Лимбурги создают "Великолепный часослов герцога Беррийского", где религиозный календарь служит рамкой для детальнейших сцен крестьянского труда и аристократических увеселений.
Так что "вся живопись была христианской" - преувеличение. Корректнее: церковь была главным заказчиком и хранителем, поэтому религиозное искусство дошло до нас в непропорционально большом объеме.
Понимал ли простой человек иконографию?
Короткий ответ: базовые сюжеты понимал, тонкости нет.
Средневековый христианин с детства слышал проповеди, участвовал в литургии, знал церковный календарь с праздниками. Рождество, Распятие, Воскресение, Благовещение, основных апостолов, Деву Марию - он узнавал на фреске без проблем. Иконография была для этого и придумана: золотой нимб = святой, ключи = Петр, меч = Павел, колесо = Екатерина, стрелы = Себастьян. Это визуальный язык, разработанный специально для неграмотного населения.
Григорий Великий (VI век) прямо говорил, что изображения - это "Библия для неграмотных" ("Biblia pauperum"). Фрески на стенах храмов выполняли функцию комикса: последовательность сцен рассказывала историю от Сотворения до Страшного суда.
Но сложная богословская символика была доступна только образованному духовенству. Четыре существа вокруг Христа в Маестас (лев, орел, телец, ангел) = четыре евангелиста - это знали клирики. Простой прихожанин видел "Христа во славе" и священных животных, но мог не понимать конкретную привязку.
Отдельная тема - маргиналии (рисунки на полях рукописей). Там обезьяны играют на волынках, зайцы охотятся на людей, монахи стреляют из задних частей тела. Эти изображения явно не подчинялись строгой религиозной программе и показывают, что даже монастырские переписчики позволяли себе светский (и довольно грубый) юмор.
