Да просто закрой все страницы с параметрами через robots.txt и не парься. Напиши что-то вроде Disallow: /? и поисковики перестанут этот мусор обходить. Проблема решена за пять минут.

У меня была такая же ерунда на Битриксе. Оказалось, что этот движок генерировал относительные пути в canonical вместо абсолютных. То есть вместо полного адреса с доменом писалось просто /catalog/. Для Яндекса это критично, он такие рекомендации часто игнорирует. Как только переписал код на вывод полных путей с https, через два апа все встало на свои места.

Яндекс вообще забил на каноникалы в последнее время, у них алгоритмы сейчас работают через одно место. Они индексируют то, на что чаще кликают пользователи. Если у вас на страницу фильтра идет трафик из рекламы, она будет в индексе висеть вечно, хоть обпишитесь своими тегами.

Для тех, кто ищет легких путей: если вы используете популярную CMS, просто поставьте плагин для оптимизации (типа Yoast для вордпресса). Он сам все настроит как надо, не придется ковыряться в коде и изобретать велосипед.