Яндекс еще использует предиктивные модели: они знают что в пятницу в 18:00 на Садовом кольце всегда пробка. Даже если прямо сейчас там чисто, алгоритм уже закладывает будущее замедление в расчет времени маршрута. Это объясняет почему иногда объезд предлагается заранее, до самой пробки.

Если интересно копнуть глубже - погугли "contraction hierarchies" и "time-dependent shortest path". Это основные техники которые используются для работы с дорожными графами в реальном времени. Наивный Дейкстра на графе всех дорог страны работал бы слишком долго, поэтому граф предварительно обрабатывается и иерархически сжимается для ускорения запросов.

Отвечу на вопрос про дворы конкретнее. Навигатор ведет туда по двум причинам:

1. Реально быстрее по текущей модели.
2. Баг в разметке карты - участок размечен как дорога с нормальной скоростью, хотя там физически 5 лежачих полицейских.

Во втором случае помогает кнопка "Сообщить об ошибке на карте". Яндекс их реально читает.

Кстати, все эти алгоритмы хорошо работают пока у пользователей включена передача данных о местоположении. Задумайся: каждый раз когда ты едешь с включенным Яндексом - ты бесплатно работаешь на их картографическую базу. Большой брат знает где ты был в 23:47 в прошлый вторник.

Помню в нулевых пользовался Garmin с картами на флешке. Никаких пробок, никакой слежки, зато карты надо было покупать и обновлять вручную. Иногда думаю что это было лучше.